Los entornos de supercomputación que se soportan en el centro pueden ejecutar un gran abanico de aplicaciones. Cada entorno determina la arquitectura de las aplicaciones compatibles con él. Así por ejemplo, para que las aplicaciones que se ejecutan en el cluster GPGPU saquen el mayor rendimiento del mismo, se deben desarrollar mediante las herramientas de desarrollo CUDA.

A continuación se muestran enlaces en los que se pueden consultar recursos y listados de aplicaciones hechas en CUDA:

Si la aplicación se va a diseñar para ejecutarse en sistemas Grid, es necesario usar un middleware que coordine los distintos servicios; tales como gLite o EMI.

Se puedne consultar algunos recursos para plataformas Grid en:

Para el caso de la máquina de memoria compartida deberá usarse un mecanismo para distribuir la carga de trabajo entre los distintos procesadores, como MPI.

A continuación se muestra una tabla con algunas aplicaciones representativas de los entornos mencionados, clasificadas en áreas. Estas áreas definen los tipos de aplicación más frecuentes dentro de la computación de alto rendimiento.

 

 

Entorno CUDA

Entorno Grid

Compatible MPI

NVBIO

Alineamiento de secuencias

V

 

 

REACTA

Análisis de variaciones genéticas

V

 

 

SeqNFind

Secuenciamiento y comparaciones genómicas

V

 

 

SOAP3

Alineamiento optimizado para secuencias cortas

V

 

 

CUDASW++

Búsquedas en la base de datos de proteinas Smith-Waterman

V

 

 

e-Bioinfra Gateway

Portal especializado en aplicaciones genómicas

 

V

 

Warp 2D

Nuevo enfoque en alineamiento basado en patrones de referencia

 

V

 

CALnet

Uso de redes de lógica booleana para análisis de tumores

 

V

 

2d-Anaconda

Secuenciación de proteinas basada en Gaussian Kernel Convolution

 

V

 

Autodock VINA

Simulaciones de acoplamiento de proteínas

 

V

 

ClustalW-MPI

Alineamiento de proteínas que sigue un proceso de tres etapas 

 

 

V

MPGAFold

Algoritmo genético paralelo para predecir estructuras secundarias de ARN

 

 

V

 

 

Entorno CUDA

Entorno Grid

Compatible MPI

Turbostream Ltd.

Simulaciones para el diseño de turbinas

V

 

 

Vratis ARAEL

Simulador de dinámica de fluidos de propósito general  

V

 

 

Prometech Particleworks

Nuevo enfoque para CFD que prescinde de ciertas etapas iniciales las simulaciones

V

 

 

S3D(Sandia and Oak Ridge NL)

CFD basado en simulaciones numéricas

V

 

 

Autodesk Moldflow

Simulaciones para el diseño de componentes plásticos basados en moldes

V

 

 

CSCGF

Estudio del comportamiento de gases en micro-entornos

 

V

 

gFDS

Estudio del movimiento del humo y calor en fuegos mediante dinámica de fluidos

 

V

 

EpanetGrid

Entorno preparado para configurar simulaciones en estudios de calidad del agua

 

V

 

FEMTOOL

Estudio de dinámica de fluidos basados en modelado numérico

 

 

V

FLUENT

Modelado de flujos, turbulencias y reacciones termodinámicas en aplicaciones industriales

 

 

V

MUSPH

Simulaciones geofísicas basadas en líquidos confinados por elementos sólidos y en interacciones atmosféricas

 

 

V

 

 

Entorno CUDA

Entorno Grid

Compatible MPI

AutoCAD Design Suite

Software de diseño 2D y 3D para diversas ramas de la industria.

V

 

 

MSC® Nastran®

Software de análisis estructural que estudia tiene en cuenta diversas propiedades de los materiales

V

 

 

Agilent ADS & EMPro

Software de diseño de sistemas electrónicos que abarca una gran cantidad de subsistemas

V

 

 

RADIOSS™

Sistema mundialmente usado en el análisis de la seguridad, resistencia y durabilidad de estructuras para su posterior diseño

V

 

 

NVIDIA Iray

Solución de réndering fotorrealista que usa la potencia GPU para aceleración y perfeccionamiento de los resultados

V

 

 

 

 

Entorno CUDA

Entorno Grid

Compatible MPI

CHARMM

Simulación de entornos moleculares preparado para trabajo con un número considerable de partículas

V

 

 

ESPResSo

Solución OpenSource de Dinámica Molecular orientado a experimentos físicos, químicos y bioquímicos

V

 

 

Folding@Home

Sistema de simulación del plegamiento de proteínas a escala masivamente paralela

V

 

 

LAMMPS

Un conocido sistema de simulaciones de Dinámica Molecular, con potencial para estudiar materiales, comportamientos biológicos en sistemas tanto a escala gruesa como mesoscópica

V

 

 

OpemMM

Paquete software que engloba diversas herramientas para Dimámica Molecular, compatible con diversos lenguajes y entornos

V

 

 

LAMMPS

Versión para sistemas Grid de LAMMPS

 

V

 

WISDOM

Empleo de los sistemas de EGEE para la investigación en moléculas eficientes contra la malaria

 

V

 

g-INFO

Aplicación basada en Grid a gran escala para la investigación en enfermedades derivadas de la gripe

 

V

 

SFS

Modelos computacionales para investigaciones en la miniaturización de sistemas electrónicos y mecanico-ópticos

 

V

 

CYANA

Cálculo de estructuras 3D en macromoléculas procedentes de datos de resonancias magnéticas nucleares

 

V

 

1D_H2

Estudio de la dinámica de la molécula unidimensional H2 bajo los efectos de campos electromagnéticos producidos por láser

 

 

V

SicGrowD

Estudio de la difusión del carbono en cristales de silicio

 

 

V

Nanotubi

Estudio del comportamiento de electrones en nanotubos de carbono al añadir los efectos de una fuente de voltaje

 

 

V

PAMRED

Resolución numérica de un sistema no lineal de Reacción-Difusión

 

 

V

 

 

Entorno CUDA

Entorno Grid

Compatible MPI

MATLAB Parallel Computing Toolbox

Librerías que permieten la compatibilidad GPU sobre paquete de simulación matemática Matlab

V

 

 

SCIFinance

Software de simulación financiera que convierte una serie de especifiaciones de entrada y necesiades de negicio en codigo C/C++ 

V

 

 

Accelereyes Arrayfire

Librería OpenSource que se integra con aplicaciones CUDA y está diseñada para facilitar la programación de sistemas GPU. Tiene interfaces con C/C++, Java, R y Fortran

V

 

 

Wolfram Mathematica

Entorno de desarrollo de aplicaciones matemáticas basado en integración numérica, altamente modular y con opciones de generar código C/C++

V

 

 

HiPLAR

Rutinas de álgebra lineal para el lenguaje R, preparadas para aceleración GPU

V

 

 

Paosim

Simulación de los efectos de un tratamiento cancerígeno mediante un modelo matemático construido en Matlab

 

V

 

GFDTD

Estudio de la tasa de absorción de radiaciones generadas por las antenas de dispositivos móviles en el cuerpo humano

 

V

 

CPM

Desarrollo de modelos de predicción basados en reconocimiento de patrones según la teoría de la aleatoriedad, para reforzar la potencia de aplicaciones de Redes Neuronales y Algoritmos Genéticos

 

V

 

GPNsim

Simulador de eventos discretos que realiza métricas de rendimiento basadas en modelos no markovianos estocásticos de redes de petri

 

V

 

LPG

Sistema que usa técnicas de búsqueda local para operaciones de Automated Planning and Scheduling 

 

V

 

P-MLM

Análisis de cadenas ADN basado en un modelo multi capa (MLM)

 

 

V

 

 

Entorno CUDA

Entorno Grid

Compatible MPI

MediaCoder NT CUDA Edition

Software para transcodificación multimedia compatible con gran cantidad de formatos y altamente configuralbe.  

V

 

 

Adobe Photoshop

Programa de retoque y diseño fotográfico compatible con tecnología GPU para acelerar las operaciones

V

 

 

OctaneRender

Software de rendering para entornos arquitecturales, diseño de productos, animación 3D, etc. completamente integrado con aceleración GPU

V

 

 

Cyberlink Power Director

Software de composición de vídeo que permite añadir collages, efectos de transición avanzados, menús de disco, etc. 

V

 

 

GpuCV

Se trata de una librería OpenSource de Visión por Computador acelerada por GPU.  

V

 

 

MultiscaleVideoP

Caracterización estructural de materiales, donde se estudian los daños en los mismos así como su propagación. 

 

V

 

GridVideo

Sistema que hace una adaptación de ficheros multimedia para hacer streaming distribuido de los mismos

 

V

 

 

 

Entorno CUDA

Entorno Grid

Compatible MPI

BarraCUDA

Popular software de alineamiento de secuencias que hace uso de potencia GPU para paralelizar masivamente el alineamiento de muestras cortas de proteínas

V

 

 

GAMESS

Simulaciones químicas a partir de las condiciones ab initio de muestras cuánticas

V

 

 

LATTE

Software de Dinámica Molecular Cuántica donde se simulan efectos tales como las formaciones y rupturas de enlaces covalentes, defectos en materiales, interacciones electrostáticas, etc.

V

 

 

NWChem

Suite OpenSource de herramientas de química computacional preparada para el estudio de biomoléculas, nanoestructuras, y materiales, entre otras muchas funciones

V

 

 

PetaChem

Software de simulación de química cuantica que trabaja tanto con moléculas materiales como biológicas recientemente rediseñado para ser acelerado con CUDA

V

 

 

DeMon

Paquete software para cálculos basados en la Teoría Funcional de la Densidad

 

V

 

ADF

Paquete de funciones que proporciona multitud de métodos para cálculos  en estructuras electrónicas basadas en la Teoría Funcional de la Densidad

 

V

 

SyMPoM

Aplicación diseñada para el estudio y diseño de materiales basados en polímeros

 

V

 

VENUS96

Cálculos de la trayectoria de átomos y moléculas mediante la integración de la ecuación de Hamilton en coordenadas cartesianas.

 

 

V

DLPROTEIN

Paquete de herramientas para la simulación de entornos moleculares complejos

 

 

V

e-max.it: your social media marketing partner